Bir windows kurulu bilgisayarda bir bootmgr olur. Başka bir diske başka bir windows kurduysan eğer en son kurduğun windows'un bootmgr'si aktif olur, diğer windows pasif duruma geçer.
Yani bir windows kurdun diye diğer windows'un dosyalarına zarar gelmez, microsoft'un birşeyi bozduğu falan yok...